Transkriptiotekijöiden analyysillä voidaan paremmin ymmärtää eturauhassyövän syntyä ja etenemistä kastraatioresistentiksi muodoksi.

Transkriptiotekijöiden analyysillä voidaan paremmin ymmärtää eturauhassyövän syntyä ja etenemistä kastraatioresistentiksi muodoksi.

M.Sc. Francesco Tabaron laskennallisen biologian alaan kuuluva väitöskirja Analysis of Chromatin and Proteins in Cancer tarkastettiin Tampereen yliopiston lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunnassa 27.11.2020.

https://trepo.tuni.fi/bitstream/handle/10024/123956/978-952-03-1795-9.pdf?sequence=2&isAllowed=y

Vastaväittäjänä toimi dosentti Christophe Roos Helsingin yliopistosta, kustoksena professori Matti Nykter Tampereen yliopistosta.

I  https://doi.org/10.1101/2020.09.08.287268

II https://doi.org/10.1093/nar/gkw1056

III https://doi.org/10.1093/nar/gkx1071

Eturauhassyövässä androgeeneilla on keskeinen rooli syövän synnyssä ja etenemisessä. Androgeenien vaikutuksen eliminoiminen on edelleen tärkeä käytössä oleva hoitomuoto.

Hoitojen seurauksena kuitenkin vähitellen noin kolmasosa eturauhassyöpäkasvaimista muuttuu aggressiivisiksi, androgeeneista riippumattomiksi kasvaimiksi, joista käytetään nimitystä kastraatioresistentti eturauhassyöpä (Castration Resistant Prostate Cancer, CRPC).

Tiettyjen geneettisten muutosten tiedetään johtavan eturauhassyövän ja sen kastraatioresistentin muodon kehittymiseen. Näin ollen voidaan olettaa, että kromatiinirakenteen, geenien ilmenemisen ja eturauhassyövän etenemisen välillä on yhteys.

Väitöskirjassa kromatiinirakennetta tarkasteltiin ns. ATAC-seq-menetelmällä Tampereen yliopistollisessa sairaalassa kerätyistä potilaiden eturauhassyöpänäytteistä, jotka edustivat syövän eri vaiheita. Käytetyllä menetelmällä pystyttiin tunnistamaan useita syöpään liittyviä muutoksia kromatiinin rakenteessa. Yhdistämällä havaitut kromatiinirakenteen muutokset geenien ilmenemismuutoksiin geenit pystyttiin liittämään säätelyalueisiinsa. Vaikka koko genomin mittakaavassa yhteydet säätelyalueiden ja geenien ilmentymistasojen välillä olivat heikkoja, syövän etenemiseen liittyvien geenien säätelyalueiden muutokset liittyivät selkeämmin niiden ilmenemiseen. Saadut tulokset tukevat ajatusta siitä, että eturauhassyövän etenemiselle on tunnusomaista transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtien muuttuminen patologisella tavalla.

Transkriptiotekijöiden analyysillä voidaan paremmin ymmärtää eturauhassyövän syntyä ja etenemistä kastraatioresistentiksi muodoksi. Lisäksi kehitettyjen menetelmien avulla pystytään selvittämään tunnistettujen transkriptiotekijöiden proteiinirakennetta. Väitöstutkimuksen tulokset tarjoavat yleiskuvan solunsisäisten prosessien monimutkaisuudesta ja tuovat esiin laskennallisia lähestymistapoja tauteihin liittyvien transkriptiotekijöiden tunnistamiseksi ja karakterisoimiseksi.

No Comments

Post A Comment