17 marras Bioinformatiikan menetelmiä hyödyntämällä löydettiin uusia geenejä, jotka ovat yhteydessä perinnöllisiin eturauhassyöpiin

FM Tommi Rantapero väitteli Tampereen yliopistossa 16.10.2020 bioinformatiikasta:

“Developing a Framework for Analysis of Next-Generation Sequencing Data in Cancer Genetics and Epigenetics” 

http://urn.fi/URN:ISBN:978-952-03-1703-4

Vastaväittäjänä toimi dosentti Esa Pitkänen Helsingin yliopistosta. Kustoksena toimi professori Matti Nykter.

Väitöskirja koostuu neljästä osatyöstä, joista ensimmäinen ja neljäs käsittelevät eturauhassyöpää.

I     https://doi.org/10.1002/ijc.29276

IV  https://dx.doi.org/10.3390%2Fgenes11030314

Perinnöllisten tekijöiden tiedetään lisäävän alttiutta sairastua eturauhassyöpään ja liittyvän myös syövän aggressiivisuuteen.

Uuden sukupolven ns. sekvensointimenetelmillä voidaan määrittää yksilön koko perimä, mikä mahdollistaa perinnöllisten tekijöiden kattavan tutkimuksen yksilötasolla.

Tutkimuksen ensimmäisenä tavoitteena oli koota ja soveltaa tunnettuja bioinformatiikan menetelmiä sekvensointidatan analyysiä varten pyrkimyksenä löytää uusia syöpäalttiuteen sekä syövän aggressiiviseen muotoon liittyviä geenejä suomalaisessa ja ruotsalaisessa potilasaineistossa.

Tutkimuksen kohteena oli myös geenien säätely. Syövässä geenien aktiivisuuden eli ilmentymisen säätely on usein muuttunut. Aikaisemmin tutkimuksissa on havaittu, että syöpätyypit voidaan luokitella alatyyppeihin eri geenien erilaisen ilmentymisen mukaan.

Tutkimuksen toisena tavoitteena oli analysoida kahden eri sekvensointimenetelmän tuottamaa informaatiota sekä lopulta pyrkiä yhdistämään ja tulkitsemaan saadut tulokset.  

Tutkimusaineisto ensimmäisessä osatyössä koostui suomalaisista eturauhassyöpäpotilaista ja kontrolliryhmästä.

Neljännessä osatyössä tutkimuskohortit koostuivat suomalaisista ja ruotsalaisista aggressiivista, letaalia eturauhassyöpää sairastavista potilaista ja ei-letaalia syöpää sairastavista kontrolliryhmistä molemmissa maissa.

Tutkimuksena tuloksena löydettiin uusia syöpäalttiuteen liittyviä geenejä kuten ZNF652 ja HDAC4 sekä vahvistettiin ATM- ja CHEK2 -geenien rooli aggressiivisten syöpien kehityksessä suomalaisessa ja ruotsalaisissa potilasaineistosta. Aiemmista tutkimuksista poiketen, äärimmäisen aggressiiviseen eturauhassyöpään vahvimmin liitetyllä BRCA2:lla ei havaittu olevan merkittävää assosiaatiota syöpäalttiuteen tutkittavissa populaatioissa.